晒干施用肥效损失大。在一些地方习惯将山西有机肥料如猪牛栏粪肥，在太阳下晒干或者施在旱土作物表土上，这样做的结果是让粪肥长期日晒雨淋，氮素已经挥发损失，磷钾也会流失大半，而且污染环境。有的地方在采用秸秆还田作有机肥源时，因发酵腐烂不充分，又过于集中施用稻株行间，结果是在腐烂中产生大量硫化氢，多有气泡冒出，使稻根变黑，禾苗迟发，不及时补救会使全田出现僵苗，引起减产。遇到这种情况，应立即排水晒田，在排水晒田后及早喷施复硝酚钠等根系生长的生长调节剂，并加1磷酸二氢钾和1尿素混合喷雾，可较好恢复正常生长。

合理搭配使用。秸秆、猪牛栏粪肥、绿肥等有机肥，其素（即碳素）含量多，氮素含量少，如果这种肥料用量过大，易引起农作物前期缺氮和僵苗不发，这是稻田秸秆还田配施碳铵来补充氮素的道理。因此作物施用有机肥不是越多越好，一般每施栏肥1000-1500公斤或绿肥1000-1500公斤，并在施用时加入适量的碳铵或尿素，以调节其碳氮比，微生物的需要，防止出现微生物与作物争氮的现象。有机肥中的羊粪养分含量高，分解速度快，肥效较猛，应在施用时加入适量猪粪或牛粪，达到肥效平稳的目的。有机肥料中配施磷肥，有利于磷肥肥效，山西中慧大农公司有机肥料与生物肥料搭配也有利于肥效。

山西有机肥根据生产工艺及成分的不同，分为微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料、叶面肥等。

山西中慧大农公司认为生物有机肥的制作步骤比较复杂:

1、其母体是从自然界分离筛选具有特定功能的菌种，然后进行大量的诱变选育，进一步提高生产能力，改善性能；

2、或者对现有的生产菌种进行改造，即经诱变育种，譬如太空定向培育变异，选育出符合实际生产需要的菌株。

3、发酵好的原液，每克菌种浓度高达上千亿/克，如果检测合格的话，就会进入下一步，草炭吸附或者直接稀释配比制成水溶肥。

4、草炭吸附，是液体转化为固体的过程，因为无法直接用肉眼观察到我，把高浓度的原液直接用喷雾方式，让其吸附在质优的草炭上面，然后才能制成固体颗粒类产品。